Hambaniit viiakse ettevaatlikult edasi-tagasi liigutustega hammaste kontaktpinnast läbi. Puhastatakse kummagi hamba pind kuni igemevao põhjani kolme-nelja hõõruva liigutusega. Nii välditakse niidi pääsemist järsult kontaktpinnast igemesse, kus igemesse võib tekkida haav. Puhastus on tõhusam, kui niit on pingul ja hoitakse hamba ümber nurga all nii, et see haaraks hambakaela võimalikult suurelt pinnalt.